Fakultetet er organisert i institutter og sentre. Fakultetsstyret er fakultetets øverste organ. Fakultetet har en faglig og administrativ ledelse, i tillegg til en administrasjon.

Fakultetsstyret

Fakultetsstyret er fakultetets øverste organ og legger de langsiktige strategiene innen forsking og undervising. Styret har ansvar for å fastlegge overordnede mål, prioriteringer og strategier for virksomheten. Styret utøver sitt ansvar basert på vedtak i universitetsstyret, og innenfor de lover, forskrifter og regler som til enhver tid gjelder. Forretningsorden for fakultetsstyret regulerer i tillegg styrets arbeid. Møter i fakultetsstyret er som hovedregel åpne. Styret kan lukke møtet i noen saker, slik at bare styrets medlemmer og sekretær er tilstede. Dekanen leder styret, og forbereder sakene som behandles. Fakultetsdirektøren er styrets sekretær.

Fakultetsledelsen

Dekanen er fakultetets øverste leder. Den faglige ledelsen består også av: Prodekan for forskning, Prodekan for medisinstudiet, Visedekan for internasjonalisering og innovasjon, og Visedekan for postdoktor- og masterprogrammer. Fakultetsdirektør er ansvarlig for fakultetets administrasjonen på delegasjon fra dekan.

Fakultetsadministrasjonen

Fakultetsadministrasjonen bistår enhetene ved fakultetet i daglig drift og har samtidig et overordnet koordineringsansvar for fakultetet som helhet. Fakultetsadministrasjonen består av seks seksjoner, samt Regionaletiske komiteer. 

Instituttene

Kjernevirksomheten på fakultetet er forskning og undervisning. Virksomheten organiseres og administreres på instituttene. Instituttene ledes av instituttledere som rapporterer til fakultetets ledelse og styre.